Кажется, у Кризы была похожая ситуация, спроси её. Попробуй перед сном обойти с ним все углы в комнате, заглянуть в шкафы, за занавески, показат, что там никого нет. Ещё можно попробовать объяснить, что в этой квартире хозяева вы, родители, вы платите за неё деньги и никто чужой не может зайти сюда. Вы этого просто не позволите. Это совет психологов, как раз для трёхлеток.